Humboldt River är en flod i Liberty City. Floden är den östligaste av stadens två stora floder och den är det mest trafikerade vattendraget i GTA-världen. Floden delar Algonquin från Dukes och Broker och i norr även Bohan. På floden så fraktas mycket tunga industrivaror och pråmar transporterar kol och sopor. Över floden så går broarna Broker Bridge, Algonquin Bridge, Leaper's Bridge, East Borough Bridge och Northwood Heights Bridge. I floden så ligger Charge Island och Colony Island.